Le microbiote intestinal humain constitue un écosystème complexe qui, de par son
impact sur la santé et le bien-être, est actuellement considéré comme un
organe métabolique à part entière. Son équilibre et sa composition sont impactés tout
au long de la vie par divers facteurs intrinsèques ou environnementaux.

La flore intestinale

Chez l’Homme, la microflore intestinale renferme environ 100 000 milliards de bactéries appartenant à plus de 400 espèces différentes.

La répartition de la flore varie selon les segments du tube digestif :
– dans l’estomac, du fait d’un pH bas, la flore est quasi inexistante,
– dans l’intestin grêle, il y a peu de bactéries et elles ne jouent pratiquement aucun rôle,
– dans le côlon, le transit, très fortement ralenti, est à l’origine d’une stase d’où
l’importante population bactérienne.

Le côlon est le siège de très nombreuses transformations des aliments non assimilés au niveau du grêle, c’est la seule zone colonisée de façon permanente.

Les bactéries de la flore intestinale

On peut définir de façon simpliste une flore « normale » par l’ensemble des espèces
présentes dans l’écosystème de façon constante et capables de s’y multiplier dans les
conditions environnementales du tube digestif. A la naissance, notre tube digestif est
stérile. Le mode d’accouchement, le type d’alimentation, l’environnement et l’hygiène, puis la prise de médicament ou la diversification alimentaire influencent cette colonisation bactérienne chez le nouveau-né. La composition du microbiote intestinal se complexifie ensuite progressivement avec l’âge.

Dans le côlon, il faut distinguer 4 types de flores :
– flore dominante : Bacteroides, Eubacterium, Bifidobacterium, Peptostreptococcus, Ruminococcus, Clostridium, Propionibacterium
– flore sous dominante : différentes espèces de la famille des Enterobacteriaceae
et les genres Streptococcus, Enterococcus, Lactobacillus, Fusobacterium, Desulfovibrio,
Methanobrevibacter
– flore résiduelle : bactéries en transit ou réprimées par la flore résidente
– flore fécale : renfermant de nombreuses espèces mortes

Les rôles du microbiote

Effets digestifs :
Des études ont mis en évidence les modifications liées à la présence ou à l’absence de la microflore. C’est ainsi que l’on constate que l’absence de flore entraîne :
– un ralentissement du transit intestinal et une perte de motricité,
– une réduction de la vitesse de renouvellement cellulaire.

Effets nutritionnels :
– production d’acides gras à chaîne courte diminuant la synthèse hépatique du
cholestérol,
– dégradation des hydrates de carbone non absorbés (amidon, pectine,
glycoprotéines) aboutissant à la production d’acides organiques assimilables et de
gaz,
– hydrolyse des lipides alimentaires non absorbés grâce aux lipases bactériennes, indispensable pour une bonne absorption des graisses,
– dégradation de certaines protéines et de certains acides aminés, permettant la récupération de l’azote,
– apport vitaminique : certaines bactéries sont capables de synthétiser un large éventail de vitamines.

Effets trophiques :
Le microbiote exerce une grande influence sur la maturation du tube digestif, en
particulier sur l’épaisseur de la muqueuse intestinale, la vascularisation et l’activité enzymatique de la muqueuse.

Effet protecteur contre les infections :
Cet effet s’exerce par l’effet barrière de la flore résidente vis-à-vis des bactéries
exogènes, permettant ainsi une résistance à la colonisation. La flore digestive stimule aussi l’immunité locale.

Si le microbiote est relativement stable dans le temps, sa composition au cours de la
vie peut varier transitoirement en fonction des conditions extérieures : régime alimentaire, infections virales ou bactériennes, prise d’antibiotiques… Il tend néanmoins à revenir à son état initial en 1 à 2 mois, ce qu’on appelle la capacité de résilience.

Pour entretenir son microbiote, il est recommandé d’avoir une alimentation variée, riche en fruits et légumes, en fibres et en polyphénols.